¿Cuentan las facturas impagas para el límite del Monotributo?

Sí. Para AFIP, lo que cuenta es el 'comprobante emitido', independientemente de si lo cobraste o no. El criterio es por lo devengado (facturado), no por lo percibido (cobrado). Por eso es importante anular con Nota de Crédito las facturas que no se vayan a cobrar.